红肉蜜柚因传统平和琯溪蜜柚基因变异而成，由福建省农科院果树研究所与平和县有关部门联合培育成功，通过福建省非主要农作物品种认定委员会的新品种认定，获得国家农业部颁发的植物新品种权证书。

　　红肉蜜柚最早发现者是平和县小溪镇厝丘村农民林金山。1998年秋天，林金山在自己的柚园里发现了一株变异的琯溪蜜柚，这株蜜柚果实的外观形状、内在品质、植株产量虽与传统琯溪蜜柚无异，但果肉颜色却由传统的米黄色异变为此前从未见过的深红色。福建省农业科学院果树研究所、平和县小溪镇科学技术委员会、平和县农业局联手对这一发现进行考察，历时三年，验证了这株新型琯溪蜜柚具有构成果树新品种的关键性特征——新颖性、特异性、一致性、稳定性。此后，经福建省非主要农作物品种认定委员会专家组的严格鉴定，这种变异的蜜柚被正式确认为新品种，并定名为“红肉蜜柚”。 

　　红肉蜜柚作为色、香、味俱佳的柚类新品种，如今不但遍植平和全县，而且走出平和，被四处引种,成为琯溪蜜柚的“新贵”。